组合库枚举计算服务

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我们在《KNIME教程|基于反应的组合库生成》一文详细地讲解如何根据反应建立组合库: 用SMARTS语言编码羧酸、伯胺以及它们之间的反应,并借助化学信息学软件包RDKit在KNIME界面实现基团识别、化合物过滤以及进行双组份的化学反应,最后生成组合库并保存为SDF格式的文件。

组合库可以进一步用分子对接、药效团、分子形状与静电技术进行虚拟筛选,发现潜在的活性化合物。Jiankun lyu等人[1]通过160多种反应枚举出大规模的组合库,通过虚拟筛选、合成、生物活性验证发现高活性化合物。这些化合物是原先ZINC里没有也购买不到的。

1. Lyu, J.; Wang, S.; Balius, T. E.; Singh, I.; Levit, A.; Moroz, Y. S.; O’Meara, M. J.; Che, T.; Algaa, E.; Tolmachova, K.; et al. Ultra-Large Library Docking for Discovering New Chemotypes. Nature 2019, 566 (7743), 224–229. https://doi.org/10.1038/s41586-019-0917-9.

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描述

需要准备的数据:

  1. 准备反应路线
  2. 用ChemOffice、Word、Powerpoint或图片清楚的绘制反应路线,如图1所示:

    reaction

    图1. 一个典型的反应,包含两个试剂

    在ChemOffice绘制好反应之后,保存为RNX格式文件即可,具体操作:File | Save | 文件格式:ISIS Reaction (*.rnx)

  3. 准备试剂
  4. 图1的反应涉及两个试剂,其中一个是不同R1基团的2-氨基-苯基酮;另一个是不同R2取代的氨基酸。你需要将这样的2-氨基-苯基酮与氨基酸分别建立两个数据库,保持为SMILES格式。关于如何创建数据库,请参考我们的教程:如何建立化合物库

    当然,不同R1取代基的2-氨基-苯基酮或氨基酸部分又分别由各自的中间体反应而得。如果您需要更基础的试剂经过多步反应得到产物,那么您需要绘制这样的多步骤反应路线,然后准备相应的试剂数据库。注意:你不需要准备中间步骤得到的产物数据库。

交付报告

  1. 提供最终的化合物库
  2. 根据反应路线与提供的试剂生成化合物库,提供两种格式:SDF与SMILES格式。

  3. 提供Excel报告
  4. 报告包含了化合物代码,SMILES结构,以及计算的物理性质油水分配系数(logP)、氢键供体数(HBA)、氢键受体数(HBD)、拓扑极性表面积(TPSA)以及分子量。

采购方式

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价 格

学术用户3000-5000元。

服务流程

(1)联系我们,签署保密协议;(2)按照我们的要求,提供数据;(3)我方评估后,确认接受委托,并提供合同;(4)开始服务,提供报告。

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